《通知》指出，全國水污染防治形勢面臨新的變化，部分地區氮磷污染上升為水污染防治的主要問(wèn)題，成為影響流域水質(zhì)改善的突出瓶頸。氮磷污染來(lái)源較多，固定污染源仍是重要來(lái)源，在一些地方還是主要來(lái)源。各地要以重點(diǎn)行業(yè)企業(yè)、污水集中處理設施、規?；笄蒺B殖場(chǎng)氮磷達標排放整治為突破口，強化固定污染源氮磷污染防治；重點(diǎn)流域要以實(shí)施排污許可制為契機和抓手，嚴格控制并逐步削減重點(diǎn)行業(yè)氮磷排放總量，推動(dòng)流域水質(zhì)改善。到2019年底前，基本完成氮磷排放重點(diǎn)行業(yè)企業(yè)超標整治工作。
《通知》明確，將肥料制造、污水集中處理、規?；笄蒺B殖等18個(gè)行業(yè)作為氮磷污染防治的重點(diǎn)行業(yè)，要求全面推進(jìn)氮磷達標排放。地方各級環(huán)境保護主管部門(mén)應依托排污許可證核發(fā)管理逐行業(yè)掌握氮磷排放重點(diǎn)行業(yè)企業(yè)信息，督促重點(diǎn)行業(yè)企業(yè)建立氮磷排放管理臺賬，摸清行業(yè)排放底數。各地環(huán)境保護主管部門(mén)應督促指導相關(guān)工礦企業(yè)、污水集中處理設施優(yōu)化升級生產(chǎn)治理設施并強化運行管理，提高脫氮除磷能力和效率。重點(diǎn)開(kāi)展磷化工和磷礦采選企業(yè)生產(chǎn)工藝及污水處理設施建設改造，推進(jìn)磷石膏無(wú)害化處理和資源化利用。氮磷排放重點(diǎn)行業(yè)的重點(diǎn)排污單位應于2018年6月底前安裝含總氮和（或）總磷指標的自動(dòng)在線(xiàn)監控設備并與環(huán)境保護主管部門(mén)聯(lián)網(wǎng)。
《通知》明確，實(shí)施重點(diǎn)流域重點(diǎn)行業(yè)氮磷排放總量控制。生態(tài)環(huán)境部將研究確定實(shí)施氮磷排放總量控制的流域控制單元及對應行政區域，根據排污許可證氮磷許可排放量信息確定相關(guān)流域控制單元的行業(yè)總量控制指標，實(shí)施行業(yè)總量控制。對于氮磷超標的流域控制單元內新、改、擴建項目，實(shí)施氮磷排放總量指標減量替代并嚴格落實(shí)到許可證上，嚴控氮磷新增排放。
《通知》強調，市、縣兩級人民政府在制定實(shí)施工業(yè)污染源全面達標排放工作方案中應強化氮磷排放達標管理，建立整改企業(yè)臺賬，對重大問(wèn)題實(shí)行掛牌督辦，跟蹤整改銷(xiāo)號。生態(tài)環(huán)境部?jì)?yōu)先將工作成效顯著(zhù)地區的氮磷減排工程納入水污染防治中央項目?jì)鋷?，對工作任?wù)不落實(shí)、工作目標未完成的地區采取掛牌督辦、約談、限批等措施，將氮磷污染防治工作問(wèn)題突出的納入中央環(huán)保督察。